Tapybos, skulptūros ir grafikos rinkiniuose sukaupti reikšmingi Lietuvos meno istorijos rinkiniai, nuo akademinės ir modernistinės kūrybos iki šiuolaikinių pavyzdžių. Ypatingą vietą užima XX a. pirmosios pusės Vilniaus ir Kauno meno mokyklų dėstytojų bei jų mokinių kūryba, gausus išeivijos lietuvių dailininkų palikimas ir vienas didžiausių Lietuvoje XX a. II pusės lietuvių dailės rinkinių.

Meninės ir istorinės fotografijos kolekcijose saugoma daugiau kaip 8 000 pozityvų, negatyvų, skaitmeninių vaizdų ir videomeno kūrinių. Meninės fotografijos rinkinys – vienas didžiausių ir sparčiausiai pildomų. Jame kaupiami portretai, urbanistiniai ir gamtos peizažai, konceptualios kompozicijos bei eksperimentinės vaizdo formos, atspindinčios ryškiausių Lietuvos fotografijos menininkų kūrybą.

Istorinės fotografijos kolekcija yra svarbus XIX a. pab.– XX a. I p. Lietuvos ir užsienio fotografijos raidos liudijimas. Ji sudaro reikšmingą valstybės istorijos ikonografinį šaltinį ir yra vertingas visuomenės, kultūros bei kasdienio gyvenimo tyrimų pagrindas.

Šiuolaikinės meno medijos ir tarpdisciplininės kūrybos formos skatina permąstyti tradicinę vaizduojamosios dailės sampratą ir rinkinių struktūrą. Kasmet muziejus kolekciją nuosekliai pildo ne tik tradicinių dailės šakų kūriniais, bet ir videomenu, instaliacijomis, performanso dokumentacija bei kitomis šiuolaikinio meno praktikomis, atspindinčiomis kintančią vizualinės kultūros aplinką ir kalbą.